尔云间 一个专门做科研的团队原创 云生信学生物信息学 文献解读|期刊推荐|代码铁死亡|免疫浸润|肿瘤微环境今天小编主要带给大家3个可以预测lncRNA亚细胞定位工具的详细教程,零基础的童鞋也可以“一键式”轻松搞定。好了,话不多说,咱们一起来往下看~1.LncLocator数据库http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/用来在线预测lncRNA亚细胞定位,只需要输入核苷酸序列,即可得到LncRNA在细胞质、细胞核、核糖体、胞质溶胶、外泌体这5个位置的分布比例。相关文献主页序列输入输入核苷酸序列(这里我们就以网站举例的序列为例),然后点击“submit”:结果展示提交后,就知道该LncRNA在这5个位置的具体评分了,预测结果选取评分最高的位置,比如:这个预测结果就在细胞质(Cytoplasm)中。2. iLoc-LncRNA数据库http://lin-group.cn/server/iLoc-LncRNA/predictor.php用来在线预测lncRNA亚细胞定位,只需要输入核苷酸序列;这个数据库相比于LncLocator数据库有一个优势:可同时预测多个LncRNA。相关文献主页数据输入可以输入多个LncRNA序列(这里以网站自带序列为例):结果展示3.RNALocate数据库http://www.rna-society.org/rnalocate/RNA亚细胞定位检索工具(这个数据库不单单适用于lncRNA,其他的RNA也可以),这个数据库与之前的两个数据库相比,仅输入名称即可,会更方便,还可链接到预测结果的相关文献、数据库等。相关文献主页数据输入输入LncRNA名称即可(这里以LncRNA UCKL1-AS1为例):结果展示首先点进去出现的界面会展示该LncRNA的基本信息,包括名称、RNA ID号、RNA类型等,点击“GO”即可链接到具体的预测结果接下来会以表格形式展示检索结果的简要信息,主要包括RNA类别、物种、组织/细胞、亚细胞定位结果等,点击“detail”,就可看到结果更详细的信息以检索结果第一个为例,可看到具体的参考文献信息、数据库等小编有话说3个数据库都给大家附有链接,打开链接就可获得3种预测lncRNA亚细胞定位的方法,是不是又收获满满啊;同时呢,3个数据库也给大家附有相关参考文献,在写作时候也可以直接引用,有没有很方便呢~更多生信热点及干货
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